O município tem convênio com o Hospital de Nova Brescia que fica a 9 km de Coqueiro Baixo para consultas de urgência e emergência e tem convenio com o Hospital de Encantado para consultas, exame e cirurgias em serviços de especialidades. A referencia para oncologia é o Hospital de Lajeado e traumatologia de média complexidade no hospital de Teutônia e alta complexidade em Canoas.
O Município possui uma Unidade Básica de Saúde situada no centro, com equipe de saúde multiprofissional, a estratégia para o cuidado de saúde o município opta pela Estratégia da Saúde da Família.